Na wstępie warto wskazać, że Jednolity Sąd Patentowy (UPC) będzie stosować prawo Unii Europejskiej w całości i uznawać jego pierwszeństwo. Jest to istotne założenie, ponieważ UPC nie należy do unijnego systemu wymiaru sprawiedliwości przewidzianego przez Traktaty. Stanowi sąd międzynarodowy, który jest wspólny dla wszystkich państw członkowskich UE będących stronami Porozumienie w sprawie Jednolitego Sądu Patentowego (ang. Unified Patent Court Agreement – UPCA).
Szczególne znaczenie z punktu widzenia prawa unijnego odgrywają w tym zakresie rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1257/2012 oraz nr 1260/2012. Pierwsze z nich określa zasady wzmocnionej współpracy w dziedzinie tworzenia jednolitego systemu ochrony patentowej. Drugie z kolei odnosi się ustaleń w zakresie dokonywania tłumaczeń w tym obszarze.
Oprócz prawa unijnego podstawowym aktem prawnym stosowanym przez Jednolity Sąd Patentowy będzie UPCA, a także – głównie w zakresie materialnoprawnych przesłanek zdolności patentowej – Konwencja o udzielaniu patentów europejskich (European Patent Convention – EPC) z dnia 5 października 1973 r.
W dalszej kolejności UPC będzie w swoim orzecznictwie opierać się na innych porozumieniach międzynarodowych mających zastosowanie do patentów i wiążących wszystkie państwa członkowskie będące stronami UPCA. Wreszcie przewidziano też możliwość zastosowania prawa krajowego w zakresie nieuregulowanym wcześniej wymienionymi źródłami prawa.
Warto podkreślić, że przepisy UPCA będą uzupełniać szczegółowe zasady proceduralne (ang. Rules of procedure), które zostaną przyjęte przez Komitet Administracyjny UPC. Staną się one faktycznym „kodeksem proceduralnym” właściwym dla UPC i będą wspólne dla wszystkich toczących się przed tym Sądem postępowań. W efekcie rola prawa krajowego poszczególnych państw członkowskich, jako właściwego dla rozstrzygania sporów patentowych, będzie w rzeczywistości znacząco ograniczona.