Postępowanie przed Sądem będzie składać się z procedury pisemnej, dodatkowej i ustnej. Zgodnie z przepisami Porozumienia w sprawie Jednolitego Sądu Patentowego (ang. Unified Patent Court Agreement – UPCA) wszystkie procedury organizowane będą w sposób elastyczny i wyważony.
Procedura pisemna będzie rozpoczyna się wraz z wniesieniem pozwu. Następnie w jej trakcie składana będzie odpowiedź na pozew, której może towarzyszyć powództwo wzajemne w przedmiocie unieważnienia patentu europejskiego. W dalszej kolejności może dojść także do wymiany pism procesowych w postaci repliki powoda i dupliki pozwanego.
W ramach procedury dodatkowej, po zakończeniu procedury pisemnej i w stosownych przypadkach, sędzia pełniący obowiązki sprawozdawcy, w ramach upoważnienia udzielonego przez pełny skład orzekający, będzie mógł zwołać wewnętrzną konferencję. Jej celem jest przede wszystkim zidentyfikowanie głównego zagadnienia i ustalenie, które istotne fakty są przedmiotem sporu. Ponadto, może ona prowadzić m.in. do wyjaśnienia stanowisk stron w odniesieniu do spornych kwestii i faktów, ustalenia harmonogramu dalszego postępowania, czy też ustalenia ze stronami możliwości polubownego rozstrzygnięcia sporu np. z pomocą centrum mediacji i arbitrażu działającego przy Jednolitym Sądzie Patentowym, którego siedziby będą odpowiednio w Lizbonie i Lublanie.
Z kolei procedura ustna z założenia ma umożliwiać stronom właściwe przedstawienie swoich argumentów. Będzie się ona odbywać przed całym składem orzekającym. W jej trakcie będzie następować np. przeprowadzenie dowodów z przesłuchania świadków lub biegłych. Zgodnie z przepisami instrukcyjnymi rozprawa przeprowadzana w ramach procedury ustnej nie powinna trwać dłużej niż jeden dzień.
Za zgodą stron Sąd będzie mógł zrezygnować z procedury ustnej.